Do ponto de vista organizacional a Implanta Meio Ambiente está estrutura em duas Diretorias e quatro Coordenações Setoriais, estreitamente inter-relacionadas:

A Diretoria Administrativa - responsável pelo gerenciamento de toda a estrutura operacional da empresa, a qual também engloba os assuntos financeiros e jurídicos.

A Diretoria Técnica – responsável pelo gerenciamento técnico das coordenações envolvidas nos trabalhos desenvolvidos pelas coordenações.

As Coordenações Setoriais (Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável; Engenharia e Saneamento Ambiental; Geotecnologia; Paisagismo) – responsáveis pelo gerenciamento dos técnicos envolvidos na execução dos trabalhos.